[ sort alphabetically ]

• ALIGNMENT CONSENSUS
  • cons
  • megamerger
  • merger
• ALIGNMENT DIFFERENCES
  • diffseq
• ALIGNMENT DOT PLOTS
  • dotmatcher
  • dotpath
  • dottup
  • polydot
• ALIGNMENT GLOBAL
  • est2genome
  • needle
  • stretcher
• ALIGNMENT LOCAL
  • matcher
  • seqmatchall
  • supermatcher
  • water
  • wordmatch
• ALIGNMENT MULTIPLE
  • emma
  • infoalign
  • plotcon
  • prettyplot
  • showalign
  • tranalign
• DISPLAY
  • abiview
  • cirdna
  • lindna
  • pepnet
  • pepwheel
  • prettyplot
  • prettyseq
  • remap
  • seealso
  • showalign
  • showdb
  • showfeat
  • showseq
  • sixpack
  • textsearch
• EDIT
  • biosed
  • codcopy
  • cutseq
  • degapseq
  • descseq
  • entret
  • extractfeat
  • extractseq
  • listor
  • maskfeat
  • maskseq
  • newseq
  • noreturn
  • notseq
  • nthseq
  • pasteseq
  • revseq
  • seqret
  • seqretsplit
  • skipseq
  • splitter
  • trimest
  • trimseq
  • union
  • vectorstrip
  • yank
• ENZYME KINETICS
  • findkm
• FEATURE TABLES
  • coderet
  • extractfeat
  • maskfeat
  • showfeat
  • twofeat
• INFORMATION
  • infoalign
  • infoseq
  • seealso
  • showdb
  • textsearch
  • tfm
  • whichdb
  • wossname
• NUCLEIC 2D STRUCTURE
  • einverted
• NUCLEIC CODON USAGE
  • cai
  • chips
  • codcmp
  • cusp
  • syco
• NUCLEIC COMPOSITION
  • banana
  • btwisted
  • chaos
  • compseq
  • dan
  • freak
  • isochore
  • sirna
  • wordcount
• NUCLEIC CPG ISLANDS
  • cpgplot
  • cpgreport
  • geecee
  • newcpgreport
  • newcpgseek
• NUCLEIC GENE FINDING
  • getorf
  • marscan
  • plotorf
  • showorf
  • sixpack
  • syco
  • tcode
  • wobble
• NUCLEIC MOTIFS
  • dreg
  • fuzznuc
  • fuzztran
  • marscan
• NUCLEIC MUTATION
  • msbar
  • shuffleseq
• NUCLEIC PRIMERS
  • eprimer3
  • primersearch
  • stssearch
• NUCLEIC PROFILES
  • profit
  • prophecy
  • prophet
• NUCLEIC REPEATS
  • einverted
  • equicktandem
  • etandem
  • palindrome
• NUCLEIC RESTRICTION
  • recoder
  • redata
  • remap
  • restover
  • restrict
  • showseq
  • silent
• NUCLEIC TRANSCRIPTION
  • tfscan
• NUCLEIC TRANSLATION
  • backtranseq
  • coderet
  • plotorf
  • prettyseq
  • remap
  • showorf
  • showseq
  • sixpack
  • transeq
• PHYLOGENY DISTANCE MATRIX
  • distmat
• PROTEIN 2D STRUCTURE
  • garnier
  • helixturnhelix
  • hmoment
  • pepcoil
  • pepnet
  • pepwheel
  • tmap
• PROTEIN 3D STRUCTURE
  • psiphi
• PROTEIN COMPOSITION
  • backtranseq
  • charge
  • checktrans
  • compseq
  • emowse
  • freak
  • iep
  • mwcontam
  • mwfilter
  • octanol
  • pepinfo
  • pepstats
  • pepwindow
  • pepwindowall
• PROTEIN MOTIFS
  • antigenic
  • digest
  • epestfind
  • fuzzpro
  • fuzztran
  • helixturnhelix
  • oddcomp
  • patmatdb
  • patmatmotifs
  • pepcoil
  • preg
  • pscan
  • sigcleave
• PROTEIN MUTATION
  • msbar
  • shuffleseq
• PROTEIN PROFILES
  • profit
  • prophecy
  • prophet
• UTILS MISC
  • embossdata
  • embossversion

[ sort alphabetically ]